Parafię erygował biskup poznański Jan Latalski 3 kwietnia 1528 roku, chociaż Kapituła Poznańska wyraziła na to zgodę już 30 czerwca 1515 roku. Nieco później, 10 kwietnia 1526 roku księżna Anna Mazowiecka, córka Konrada III i żona wojewody Stanisława Odrowąża, nadała Stanisławowi Siennickiemu i jego braciom, Januszowi i Michałowi (ten ostatni był pierwszym proboszczem) przywilej założenia ze wsi dziedzicznej Syenycza miasta pod nazwą Janowo, zmienionego później na Siennicę (utraciła prawa miejskie w 1869 r.).
Sienniccy zbudowali drewniany kościół p.w. Św. Jana Chrzciciela, Stanisława, Krzysztofa, Mikołaja, Anny i Barbary, a obok założyli szkołę parafialną. Kościół ten został zastąpiony kolejną drewnianą świątynią w 1577 r., którą Paweł Siennicki, chorąży czerski, w latach 1693-1698 zamienił na inny p.w. Przemienienia Pańskiego, Nawiedzenia NMP i Św. Stanisława, wykonaną przez cieślę Jana Gołkowskiego. Świątynia stała na niewielkim wzniesieniu przy dawnym rynku miejskim, konsekrował ją Bp Marcin Załuski, sufragan płocki, 1 maja 1751 roku. W tym kościele znajdował się cudowny obraz MB Częstochowskiej, który przeniesiony do kościoła klasztornego zasłynął łaskami.
Kościół ten (zwany farą) został doszczętnie spalony przez Niemców w 1939 r. Kazimierz Rudziński i Antonina z Nowosielskich oraz ich syn Michał ufundowali w latach 1749-1754 murowany barokowy kościół wraz z klasztorem p.w. Ofiarowania NMP. Kościół projektowali arch. Symeon Gaygier i arch. Antoni Solari, a konsekrował Bp Jan Albert Randy, sufragan warszawski, w 1761 r. Klasztor i kościół oddany został OO. Reformatom, którzy przetrwali w nim do kasaty zakonów w 1863 r.
Podczas powstania listopadowego mieścił się w klasztorze sztab gen. Skrzyneckiego, w 1863 r. ukrywano tu i leczono powstańców. W roku 1896 kościół i klasztor przeszły pod zarząd diecezji. Niemcy wycofując się w 1944 r. spalili kościół; odbudowę ukończono w 1959 r. Do kościoła przylega klasztor poreformacki: w części parafialnej znajdują się mieszkania dla wikariuszy, sala katechetyczna; pozostała część jest pod administracją Zespołu Szkół.
